JavaとC#なら、自分の好みはC#。
自分の担当製品は今のところ、windowsプラットフォームしかサポートしていないので。言語仕様やライブラリは自分の使用範囲ではどちらも十分。ただ、開発環境や動作環境構築の手間がc#の方が楽。最近のJAVAは試してないけど