続けて >>90 のコードを実行してみました。

データ生成の方は、>>51 の最後に説明している、
「1つのファイル内でQQ行とx, yの後ろにくるパターンの両方は存在せず、片方が出てきたらもう片方は出てきません。」
というところで、1つのファイルに両方のフォーマットが生成されていましたが、
両方が読めれていれば特に問題はないと思います。

読み込み用のコードは自分の環境では　%"PRIu64"　→　%" PRIu64 "　とスペースを開けないとなぜかエラーになりました。
あとargv[2]がよくわかりませんでしたが実行できたのでとりあえずそのままにしています。
以下結果

## 1GB
time ./a.out aaa_1gb
strat... ./a.out aaa_1gb (null)
done... ./a.out aaa_1gb (null)
4./a.out aaa_1gb 3.69s user 0.14s system 99% cpu 3.839 total

## 5GB
time ./a.out aaa_5gb
strat... ./a.out aaa_5gb (null)
done... ./a.out aaa_5gb (null)
18./a.out aaa_5gb 17.40s user 0.78s system 99% cpu 18.216 total

## 13GB
time ./a.out aaa_13gb
strat... ./a.out aaa_13gb (null)
done... ./a.out aaa_13gb (null)
47./a.out aaa_13gb 44.99s user 1.73s system 99% cpu 46.781 total

みなさんキャッシュの話をされていて、その辺がまだあまり理解できていないのですが、
文字列解析時にはキャッシュから取り出して参照するため時間は増えるということですかね。