触ったことないのでeclがどの程度cltl/ANSI/clhs等の標準をリスペクトしてるのかも分からないのだが
とりあえずgoogle play storeからeclのandroidポートらしいeql5 replを入れてみた

(list ;; attempt to shadow cl:cons
(flet ((cons (x y) (cons y x)))
(cons 'co '?ns))
(let ((cons (lambda (x y) (cons y x))))
(funcall cons 'co 'ns)))

((CO . NS) (NS . CO))

fletは謎挙動だね…
* shadowしない名前(xcons)ならok
* (flet ((cons (x) (1+ x))) (cons 42))がアリティ不一致で怒られる
から推測するに、普通cl packageの関数なんて弄られないだろうと踏んで、関数の名前解決を手抜きして最適化してるんだろう

値の名前解決は特に弄る意義もないので、scheme風にlambdaをletで値として束縛して呼べば問題ない
clを名乗る以上はオプションで切れるくらいの配慮はあるだろうから、eclにこだわるならマニュアル読んでみては

少なくともclhsはリスペクトしてないね
...flet can locally shadow a global function name, ...
http://www.lispworks.com/documentation/HyperSpec/Body/s_flet_.htm