Git初心者です。ここで質問していいか分かりませんし、拙い文章になったらすみません...。
現在、自宅と職場それぞれのJavaファイルをBitbacketで管理しそれをSourcetreeで操作しています。
しかし、どうしても挙動がおかしく、Googleとかで調べても出てこないので、ご教示願いたく。

症状としては
①職場側と自宅ともにプロジェクト内にクラスＡ、クラスＢがある状態で、新たに職場側でクラスCを作成→Git
②その後、自宅側でプルしてもクラスCファイルが該当のフォルダ内にはあるのに、エクリプスでプロジェクトを読み込んでもクラスＣが読み込まれない
③また、自宅側で逆に新規でクラスＣを作成するとSourcetreeにクラスCのファイルが「作業ツリーのファイル」の一覧に表示されずコミットできない

自宅側でクラスCと同じ名前のクラスをあらかじめ作っておくと、②でプルいた時点でクラスCを上書きしてくれるんですが
自宅側で新規にクラスを作って作業しても、Sourcetreeでプッシュできないのでとても不便で困っています。
何か設定の問題なんでしょうか。