MS系はやっぱり振り回される可能性高いと思うよ
何だったかWindowsストアと連携した機能とかあった気がする

あとC#アプリ作ったとして、WindowsとLinux(Mono)で起動方法が違ってくるはず、昔調べた結果によると
確かWindows限定で動作する起動コードが同梱されるんだったか
Windowsだとダブルクリックだけで起動できるけど、
Linuxだと.exeとMonoを関連付けないといけない
でも.exeはC#限定拡張子ではない
.jarはJavaを意味する拡張子だからJREと関連付けるのは妥当なんだけど