＞ファイル名の延長でしかなくファイル名を解釈するプロセス側の問題

そうじゃない。世界のソフトウェア開発全般のエコシステムの問題で、
exeを.NET限定拡張子であるかのように扱う事ができないんだけど、
それを要求されてしまってるんだよ。