まずいまどきアセンブラなんか手書きでなんか書かない
C言語をコンパイルするとアセンブルしてしてアセンブラをコンパイルする
すると実行モジュールができる(コレがチミがバイナリと読んでるものになる)

WinAPIやDirectX APIはOSが提供するアプリケーションインターフェースになる
それをさっき書いたC言語から利用することができる

で、C言語に限定されないが、そういった開発を
知恵遅れでもできる環境を提供するのがIDEとよばれるものだ
当然、viでコードやmakefileをシコシコ書いてコンパイルするのもありだが
今時いちいちそんなめんどいコトやってるヤツは希少種といっていい

とりあえず今ココではJavaはおいとく