「コマンドを別途用意する必要がある」からシェルスクリプトは不利っておかしくね？
じゃあ他のほとんどの言語でもファイルを扱うには「OSに依存したライブラリを呼ぶ必要がある」からファイルを扱うのに互換性は損われるかもしれないよね。
その点，POSIXという古くて強大な規格があるシェルスクリプトは，少なくともファイルの標準的な扱いにおいてはかなり有利だと思うわ。
ちなみにそのPOSIXが，最低限用意しなくてはいけないコマンドを規定してるから↓
http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/idx/utilities.html
ここにあるコマンドは（あまりに古すぎるuu*関連とSCCS関連を除けば）ほぼどのシステムでも利用可能で，インターフェースも統一されてる。
だからPOSIXに準拠していれば，互換性の問題はかなりの部分が解消される筈。
もちろん細かい部分で非互換な挙動はあるだろうけど，それはシェルスクリプトに限った話じゃないと思う。