とにかくダウンロードが正常に終わるようにならないと先に進めないだろ
ダウンロード時にフォルダが決まるならそれで問題解決だし
外部ダウンローダを使うのなら、落としたファイルとurlとの対応が取れるのかが問題
それが可能（例えばファイル名が行番号になってるとか）なら
落とした後にファイルを対応するフォルダに移動すればいい
もちろんbat等の自動化で