copy nul $tmp.txt
hoge.exe >>$tmp.txt
for /f "delims=" %%a in ($tmp.txt) do (
if "%%a"=="コマンド1" (処理1 &echo 結果1)
if "%%a"=="コマンド2" (処理2 &echo 結果2)
…
)

こういう風に一旦txtに書き出しじゃダメなん？