$data=array('りんご','バナナ','みかん','りんご','みかん','りんご');

$result=$count=array();
foreach( $data as $key => $value ){
if( isset($count[$value]) ){
++$count[$value];
}else{
$count[$value]=1;
}
$result[$key]=$value.$count[$value];
}
var_dump($result);