素朴な疑問、PHPファイルをダウンロードしてきて、コピペでサーバーディレクトリに貼り付けると500エラーになるのってどういう原理？

仮想サーバーで動かしてる方にコピペは動くんだが、ネットのサーバーってFTPとか挟まないともしかしてアップロード出来ない仕組み？
レンタルサーバーで借りてる方はFTP通してアップロードしてて、そんな事起きた事ないから分からん