行と列をひっくり返す transpose っていう awk script を作って、

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#!/usr/bin/awk -f

{for(i=1;i<=NF;i++) a[NR,i]=$i}
END{
for(j=1;j<=NF;j++) {
str=a[1,j]
for(i=2;i<=NR;i++) str=str" "a[i,j]
print str
}
}
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$ paste hoge.tsv huga.tsv | ./transpose | sort -k1,1 | ./transpose
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