>>501
簡単に言えばMakefileに

作ってほしいファイル名: そのファイルを作るのに必要なファイル
(タブ（なぜか空白はダメ））作るためのコマンド

をズラズラ書いておけばいい
なのでその例だと

Func.o: Func.cpp
　g++ -c -g -Wall -pthread -std=c++11 ./Func.cpp -lm -lz -Wextra -o Func.o

Main.o: Main.cpp
　g++ -c -g -Wall -pthread -std=c++11 ./Main.cpp -lm -lz -Wextra -o Main.o

Main.exe: Main.o Func.m
　g++ Main.o Func.o -o main.exe -lz

って書いておいて（わかると思うがg++の前はタブな）
make Main.exe
ってやればいい
毎回Main.exeを指定するのが面倒なら
Main.exe: Main.o Func.m
　g++ Main.o Func.o -o main.exe -lz
の行を一番上に持って行けば make だけで作成できる
（makeは指定がないと最初に見つけた作りたいファイルを作ろうとする）