例えば/a/b/cがあって、/x/yが/a/bを指すとする。
cd /x/y; mv c ..したときにcが/x/cじゃなくて/a/cになるという話なら仕様。
実際はcd /x/yの時点でカーネル的には既に/a/bに移っている。
pwdして/x/yと表示されたり、プロンプトに/x/yと出たりすることがあるのは、シェルがそう見せているだけ。
外部コマンドを呼んだ時点で/x/yにいるという情報は伝わらない。