for i in range(1, 6):
 subprocess.run(('mkdir %d_new' % (i)).split(' ')
 subprocess.run(('cp %d %d_new' % (i, i)).split(' ')
と同様のことを、
for i in range(1, 6):
 !mkdir ${i}_new
 !cp $i $i_new
みたいな感じで書けないかな、と。
これはpythonの中にbashが入ってる例だけど、逆でもいいので。