単純に\nがgrepに食われてるだけだと思う

オプションに-zを入れれば\0区切りになるから\nは残せそうだけど
ファイル全体が１行になるだろうからやりたい事は多分できない

\rを\r\nに統一したいなら各行の末尾以外の\rを\r\nに置換すれば良さそう
grepで検索だけして手作業で直すつもりなのかな