grepは行単位で処理するが、行は\nで終わることになってる
>>771のいうようにgrepが\nを食ってしまうので\nは検索できない
行末にマッチさせたいなら\nではなく$を使う

が、改行コード変換したいだけならCygwinに最初から入ってるunix2dos/dos2unixでも使えばいい