結局具体的なツール名も出せずに撃沈かよw
そもそも全体を編集した奴なんてどうやってもマージなんてできないだろ
ソースコードも全体をリファクタリングしたら似たようなことになるから通常の編集とは別に実施してコミットするとかやるし
画像ソフト使うならSVGに限らずマージは諦めて別ファイルで管理するとか普通にやる
まともな運用を知らんだけじゃないの?