たぶん、1つ目のアプリが、3行の改行コードを出力してるからだろ

例えば、HTML みたいに、データ内の区切りに、CR・LF の改行コードを使っているものもある。
それらを出力すると、空行ができる

それか、アプリにバグがあって、
正しくデータが取れず、空行だけが出力されているとか