原因についてはわかりませんが。。。
MoveFile()代替として、ハンドル開いた状態でファイル名を変更する場合にはSetFileInformationByHandle()を使用する。

HANDLE h =CreateFileW(srcfilename, GENERIC_READ| GENERIC_WRITE| DELETE, 0, NULL, OPEN_EXISTING, FILE_ATTRIBUTE_NORMAL, NULL);
size_t fri_size =sizeof(FILE_RENAME_INFO)+(wcslen(dstfilename)+1)*sizeof(wchar_t);
FILE_RENAME_INFO *fri =(FILE_RENAME_INFO *)malloc(fri_size); memset(fri, 0, fri_size);
wcscpy(fri->FileName, dstfilename);
fri->ReplaceIfExists =TRUE;
fri->FileNameLength =(DWORD)wcslen(dstfilename);
fri->RootDirectory =NULL;
BOOL res =SetFileInformationByHandle(h, FileRenameInfo, fri, (DWORD)fri_size);
free(fri);
CloseHandle(h);