カプセル化の可否はともかく
階層化の有害性についてはこう思います。
例えばディレクトリを階層化のすると
親ディレクトリと子ディレクトリに同じデータを重複格納
する人が出たりしてデータの二重管理が発生
しやすくなると思います。
そのうちどれが正なのか分からなくなります。
あと単純に子供に格納するほどデータのアクセスパスが
長くなってどこにあるのか探し出すのが大変になると
思います。

これはオブジェクトの階層構造でも
JSONなどの構造についても言えることだと思います。