自己解決
> %%~aが利かない
はケツにスペース入ってたから
バグるのは文字コード上の問題のよう
http://scripting.cocolog-nifty.com/blog/2009/09/wmic-6efe.html
パイプだと改行コードがおかしくなるだけらしいけどその後のコマンド類がおかしくなるのは不明
URL先の説明にあるように直接ファイルへリダイレクトしてtypeで読めばバグらないようになった
wmic process where "name='hoge.exe'" get CommandLine 2>nul >$tmp.txt
for /f "delims=" %%a in ('type $tmp.txt^|find ":"') do for %%b in (%%a) do set "s=%%~b"