あ、ブランチはLFって書いてありますね。ふむー。AだけがCRLFのはずだが。
LFであることと、チェックアウトしたファイルがCRLFであることはどうやって確認したんですか？
エディタがCRLFに変換してるってオチじゃないですよね？不安ならodとかでダンプしてみるといいです。