例えば物理的なコミットAには論理的な変更1と変更2が含まれてるとしてだ

* コミットAの後ろに新規コミットBを挿入
* コミットAをチェックアウト
* 変更2を手動で取り除く
* コミットAを保存

とすると履歴が変更1と変更2に綺麗に分かれる
こうしたほうが履歴が遥かに綺麗になる
SCMはこういう操作がもっと直感的に簡単にできるべきなんだよ