おそらくGitHub特有の相談になるんだけどここでいいかな？

全体としては公開リポジトリなんだけど
ある理由（ライセンス制限、期日まで非公開にしておきたいデータ等）により
特定のファイル(secret.txt)もしくはディレクトリ(SecretFiles/)のみ非公開にしたい。

・【必須】バージョン管理はしたい

・全体と非公開ファイルは一体であり、非公開ファイル単体では意味をなさない
・開発中は公開/非公開を意識したくない

こういうとき、どういう方法を取ることが多いでしょうか