ごめん間違った
この手順でやってみ
>>> from matplotlib import pyplot as plt
>>> plt.subplot(2, 2, 4)
>>> plt.plot([[1,2,3],[4,5,6]])
>>> plt.pause(0.1) # ここで表示されて 0.1 秒後に戻る
>>> plt.plot([[1,2,3],[4,5,8]])
>>> plt.gcf().canvas.draw() # 更新