>write-output "abc`n `"`"def `n`""
abc
""def""

ネイティブアプリ例
>gc ~/bin/args
#!/bin/sh
printf "%d args:" $#; printf " <%s>" "$@"

>args "abc`n `"`"def `n`""
1 args: <abc
""def"">
期待通りでは？

cmd用に書かれたものには、独自のパースをするものがあるので(悪名高いのはruby等)、もしかしたらそれでは？