長時間てことは圧縮音源？
ffmpegとかで音声をトランスコードすると解消するなら元ファイルの互換性問題。

・古いmp3ファイルとかなら結構Appleデコーダと互換性問題があった気がする。
・非圧縮に変換すれば解消するか？音源の長さが微妙に変わるケースを考慮。
・AAC-LC(.m4a)にトランスコード（強制再エンコード）したら解消するか？