規模によるとしか言えないが
何百万、何千万レコードになると配列操作とかメモリが足りなくなるか
うまくメモリ管理した上でやっても爆遅で現実的に使い物にならずデータの管理も大変
MySQLは設定が大変なあなたのために組み込みのSQLiteが用意されてるのでそれを使ってください

SELECT文で高度な選択するときに長ったらしく難しそうなSQL書く場合はあるけど
素人が編集ってSQLでもINSERT文、UPDATE文ぐらいのもんだし
（これらでもサブクエリでSELECT文書いたりするかもしれないが必須ってわけではない）
専門的な知識が要求されるほど難しい操作じゃない
そもそもそんな素人にSQLを直接書かせて実行させるようなことはまずしない
CMSでよく見られるようにそういう人向けに玄人が管理画面（UI)を提供すべき