>>764 のような質問の仕方を見ると、人に物事を伝える能力や単語の選び方って凄い重要だと実感する
回答者にナゾナゾ出してるんじゃないんだから、加工とか原点という意味不明な単語を使わずに
「左下の座標」「幅」「高さ」
で良いじゃない
あとアップしてある図は右端の縦線がないけど、左（変更前）と右（変更後）で違うというのは質問に関係あるの？

四角の重なりをどうにかしたいなら
System.Windows.Rect（またはSystem.Drawing.Rectangle）として全て総当たりで
IntersectWithで重なり検出したら何かする
Containsで完全に含まれることを検出なら更に何かする、で良いんでない