普通にミューテックスで排他して状態管理せよ……
だいたいスレッドが動いているかどうかという1 bitだけを外部が欲しがるという用途は（join操作そのものを除き）あんま無く、
キュー的なﾌﾞﾂに対するデータの排他的な出し入れが普通伴うはず……