人間の発想だと改行が2個続くことを条件に分割してやれば早いって思えるけどpythonのあるべき書き方だと違うやり方の方が早いこともありそうな気がするね。
例えばだけど1行ずつ読んでkeyを行番号にvalueにして中身は条件判断せずにテキストを読み込み切ってからvalueを縦に走査して改行のみが入ったところで区切りの処理をするみたいな形にしたら早まらんかな。

元の質問の狙いとしては改行が2個続いたときに普通は使われない文字（例えば▲とか）に1回置換してそこからまた▲を行区切りとして読めば短縮されるのでは？というように見える。
けど756を見るとその置換処理の時点で6秒かかって意味なさそうに見えるわな。