というわけでms単位のUNIX timeを得るにあたってstd::chronoとGetFileTimeAsSystemTime()が同じ精度であり互換であることを
直接検証すた、
https://ideone.com/9Opqj9

実行結果（Windows 10）
i=---: st1, chrono, st2: ORDER CHECK
i= 0: 1632049473157, 1632049473157, 1632049473157: OK.
i= 1: 1632049473158, 1632049473158, 1632049473158: OK.
i= 2: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 3: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 4: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 5: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 6: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 7: 1632049473159, 1632049473159, 1632049473159: OK.
i= 8: 1632049473160, 1632049473160, 1632049473160: OK.
i= 9: 1632049473160, 1632049473160, 1632049473160: OK.
NG times=0/10

問題無くなったやたー