OSやファイルシステムによっては出来ないかも知れないが、プログラム動作中に新バージョンへの入れ替えを
行っても動作しているプロセスはそのまま動かし続けて影響させず、次回起動時から新しい方が動く方式にして
おけば良かった。例えば Linux や UNIX 系 OS ならシンボリックリンクの指す先を変えることでこれは可能だ。
Windowsではどうやるか知らないがシンボリックリンクはあるようなので多分出来るんじゃないだろうか。