メールやHTTPのようなテキスト転送プロトコル上でバイナリを流すための工夫がBASE64あたりの符号化なのであって、そういう制約がないのに使おうとするのはなんつーか技術選定間違ってる感、手癖だけで選んでる感ある
バイナリのまま送って、そのままの運用ではエラー率が希望に沿わないならハッシュも送って照合と再送をするのが高効率なんじゃね
TCPに乗せるんだとしたらそのエラー訂正だけでも十分かもな