ヘルプに書いてるでしょ
https://sakura-editor.github.io/help/HLP000089.html
> (mオプションが付いていますが、改行をまたいだ検索はできません。)

可能にする方法はあるようだが今も使えるのかは知らない
http://sakura.qp.land.to/?FAQ%2F2

素直に複数行検索置換出来るツールやエディタ使った方が良い