グラフなどのノード構成において
他のノードを指す方法として「idを用いる」のと「ポインタを用いる」のは完全に同型
というのがプログラミングでの常識です
同型というのは通常の管理からダングリングの発生やその防止も含めて同型です

配列に格納してそのインデックス方式も「idを用いる」方式の一種ですから
これも当然「ポインタを用いる」のと完全に同型です
どちらか片方の管理方法がキツイと言ってる人は完全に間違っています

これはGCを考慮した場合についても完全に同型です
誰もそのポインタを指さなくなったことと誰もそのidを指さなくなったことが対応します
したがって配列とインデックスで管理することで管理がキツくなることはありません
そしてGCをする場合も全く同型なので同じ方式同じアルゴリズムで互いに行うことができます