まずプロセス間通信するなら相手が居ない場合を必ず想定すべきでFindWindowの1度の呼び出しで一喜一憂すべきではない
プロセスの起動し直しも前提に数秒おきのFindWindow呼び出しポーリングはしたっていいと思うよ
メインウィンドウなんて高々数十個だしそんな負荷にならない