該当プロセスを他プロセスから起動してたりするとどうなんだろ
あとFindWindowじゃなくてEnumWindowsなら拾えないことって無い印象だなぁ、ハンドルも取れるし

あまり関係ないけど、うちのクソシステムだとブラウザからサーバー上にあるエクセル開くんだけど、
Workbooksで拾えたり拾えなかったりするのよね(ExcelVBA)