ありがとうございます。CloseMainWindowは表面的にはHasExitedがtrueになって処理が中止されたように見えるのです、タスクマネジャーで確認すると、閉じたはずのjavaアプリのプロセスが動き続けてCPU・メモリを占拠し続けてしまっていました。

GenerateConsoleCtrlEventはググってもC#、WPFでどう使うのか分からず、途方に暮れています、、、