システムプログラムというのも曖昧な内容だけど.NETに依存してる限りハードウェア寄りの低レベルプログラムはほぼ不可能
極端な例としてはデバイスドライバやファームウェアなどを直接弄るような状況ではC#はC/C++には及ばない