「python toml decoder duplicate keys」で検索！

TOML ファイルの形式になっていないとか？

ファイルがBOM付きUTF-8 になっているとか？
Python は、BOMなしUTF-8 じゃないの？

https://git.cardiff.ac.uk/c2021544/blogg/-/blob/abf082d45bcacad0728c2a03e91baf103046eba9/venv/lib/python3.6/site-packages/pip/_vendor/toml/decoder.py

このファイルの781, 783 行目に、raise ValueError("Duplicate keys!") がある