npmとかパッケージ管理が全くわからないのですが、
たとえば
・a.aajs
・bbb.js
・ccc.js
と3つのファイルが含まれたフォルダ一式をZIPでダウンロードするより、

aaa.jsとbbb.jsとccc.jsの内容が含まれている=>「base.js」
みたいなのを生成するという考え方で良いのでしょうか？