シリアル通信ってただのbyte列のやり取りでしかなく、中断とかの概念は存在しない。
Arduino側はreadlineかscanfかやってるだけでしょ？

この場合はifのtrue側で$"set:{},{}"、false側で$"default:"を送るのがいいんじゃない？

「初期の段階に戻す」とやらが何をするのかは知らんが、C#側が黙ってたらArduinoは何もできない