モジュール名とファイル名（パス）は↓みたいな書き方で一応切り離せるよ
ややこしくなるから基本使わないけど

#[path="platform/foo_windows.rs"]
mod foo;

自由度が高いってのはたぶん外面を維持したまま内装を変更しやすいって意味で使ってたと思う
（長文だったからちゃんと読んでない）

モジュールの構成は可視性に関わるからそこまで自由ではないと思う
全部にpubつければ自由になるけどそんな自由はいらない