Perl5

for (qw{T CG ATA CGGA ATGAT GTTGCA CCCCGGG ACTGCGAG ATCAGAATA TGCCATGACA}) {
 %h = (); $h{$_}++ for split '';
 print "$_ → ", (grep{1 < $h{$_}} keys %h), "\n";
}

※見易くするためインデントを全角スペースに置換してあります


実行結果
~ $ perl 22_500_dupe_char.pl
T →
CG →
ATA → A
CGGA → G
ATGAT → TA
GTTGCA → GT
CCCCGGG → CG
ACTGCGAG → GAC
ATCAGAATA → TA
TGCCATGACA → TGAC