んなこと言ったらファイル名もいらないって話になっちゃうぞ。
ファイル名はinodeではなくデータだとかいうツッコミは無しな。それこそファイルシステムの実装の都合に過ぎないんだから。
Gitがパーミッションを扱わないのはLinuxカーネル開発のソース管理においてそれを必要としないからで、それ以上のこじつけは必要ない。