PDFはPostScriptがベースなんだけど、これは元々プリンタ出力のために設計されたもの
後は紙に印刷するだけって状態のデータだから文字コードなんて概念はない

PostScriptの仕様をPDFに流用する時、検索ができないのは不便だからってんで
グリフ番号→文字コードのマッピング表をPDFファイルに埋め込める仕組みを作った
アプリがこの表を適宜生成しないと文字化けが発生する