一部訂正
× コピペに関しては、文字コードを保存してないのが問題で、(>>387)
○ unicodeのコピペに関しては、糞フォントと文字コードを保存してない組み合わせの時の問題で、

PDFの昔の仕様でも、文字コード->グリフが1:1の場合にはコピペ/検索共に全く問題なく機能する
316で「なんか低い…」になるのは、それらの文字コードには別のグリフが与えられているからであり、
PDF閲覧者の環境でその文書のPDFを作成した場合、(3つとも別のグリフなら)全く問題ないPDFが作成される

だから発生条件として、

・糞フォントで、違う文字コードで同じグリフを使いまくり

が必要であり、これを誘発しているのはunicodeの仕様
だからPDFがボロいと言うより、
unicodeが本質的にボロくて、以前の1:1な世界と親和性が皆無な事が問題なのだと思うよ
(なお316の件は、コードに戻す際、その文書で一度も使ってもない「長」に決め打ちで変換されていると思われ、
PDF出力アプリがポンコツなのもほぼ間違いない
376の通り、「その文書で最初にそのグリフを使った文字コード」を格納する実装なら、
単国籍な文書《≒大半のケース》で顕在化するのは防げる)


結論としては、やっぱunicode糞じゃね？と思うが

以前の文字コード：このコードはこう表示される程度の知識で全く問題ない
unicode：正しい作法(正規化等)を知らないと色々誤動作する